Nella descrizione delle metodologie d'intervento ci muoveremo secondo lo schema tecnico di base per gli interventi su affreschi che qui riportiamo:
1. Fissaggio della pellicola pittorica
2. Riancoraggio degli intonaci al paramento murario
3. Pulitura
4. Stuccature ed integrazioni
5. Ripristino pittorico

Sono stati inoltre prelevati alcuni campioni analizzati dalla Dott.ssa Gallone, del Dipartimento di Fisica - Politecnico di Milano, ed eseguite analisi delle "acque di lavaggio" per la normalizzazione dei sali.

1. Il fissaggio della pellicola pittorica si e' reso necessario in alcune zone che presentavano il sollevamento si quest'ultima, piccole aree delimitate riguardanti il fascione con putti alati e ghirlande, parte del catino absidale ed una piccola area nel fondo blu della figura di S. Luca. La pellicola e' stata fissata mediante un'emulsione acrilica di Primal AC33 e pressione manuale controllata. Si e' reso necessario anche il fissaggio delle superfici dorate quali i cartigli dei Profeti, i fondi delle Sibille e alcuni elementi decorativi dell'Epifania per consentire la pulitura. In questo caso e' stato usato Paraloid B72 in soluzione al 2.5%.

2. Il riancoraggio dell'intonaco al paramento murario e' stato minimo e localizzato nelle seguenti aree:sulla volta nella zone inferiore dell'angelo recante la corona di spine, la vela di S.Giovanni nel catino absidale e in prossimità della profonda lacerazione subita dalla figura di S.Marco in seguito ad una scheggia di granata. E' stata iniettata una malta a basso peso specifico indicata per il consolidamento degli intonaci siglata come 6001-6002 che in precedenti lavori di consolidamento aveva già dato risultati eccellenti.

3. La pulitura e' stata differenziata in tre modalità di esecuzione a seconda delle aree di intervento.
- Pulitura delle superfici degli incarnati e dei colori solidi con impacchi di carbonato d'ammonio in soluzione al 5%. 
- Pulitura delle superfici che presentavano colori più sensibili (principalmente verdi e rossi) con impacchi di carbonato d'ammonio in soluzione al 2.5%.
- Pulitura delle superfici dorate con miscela di solventi denominata 3A.
Per l'asportazione di alcune ridipinture e della pellicola grigia attribuibile ad un trattamento protettivo precedente sono stati necessari ripetuti impacchi di carbonato d'ammonio in soluzione al 5% e 10% oltre ad una rimozione meccanica.
Nelle zone dove questo tipo d'intervento non ha ottenuto risultati soddisfacenti, si e' concordato con la Sovrintendenza di fermarsi a tale livello di pulitura per non utilizzare metodi troppo invasivi. Sono stati successivamente eseguiti impacchi desalinizzanti con acqua demineralizzata, polpa di carta e sepiolite ripetuti più volte nelle aree interessate dal problema.

4. Le stuccature e qualche piccola integrazione sono state eseguite con una malta a base di grassello di calce stagionato, polveri di marmo di diversa granulometria secondo necessità ed in alcuni casi sabbietta Ticino.
Nelle due grandi scene, Natività ed Epifania, sono state sigillate tutte le microfenditure createsi nelle giunzioni delle giornate.

5. Il ritocco pittorico e' stato differenziato in due modalità di intervento: "velatura" e "rigatino".
Sono stati utilizzati esclusivamente pigmenti che garantiscono alta stabilità quali acquarelli "Winsor & Newton" e una percentuale minima di fiele di bue naturale per consentire una più facile coesione tra pigmento e superficie, il tutto mantenendo le caratteristiche fondamentali di reversibilità.
Il ritocco a velatura si e' reso necessario sui fondi degli angeli della cupola per ripristinare la cromia originale con effetto dorato; qui, seguendo come traccia la base originale su cui e' stata stesa la doratura, si e' utilizzata una "terra d'ombra bruciata" che ha dato un'ottima resa estetica; altre velature sono state necessarie per ripristinare i fondi blu di Profeti ed Evangelisti che si presentavano particolarmente lacunosi.
Come per i fondi degli angeli anche qui il colore originale ha fatto da guida per la stesura delle velature, ma in questo caso il rispetto delle tracce che si differenziavano molto da figura a figura ha creato il risultato estetico di una cromia leggermente diversa per ciascun fondo.
Il ritocco a rigatino e' stato eseguito un po' ovunque su tutte le figure che necessitavano questo tipo di intervento.
Nei cartigli dorati dei profeti e' stata eseguita una "astrazione cromatica" per consentire la lettura a distanza dell'effetto oro.
Sugli angeli della cupola e' stato eseguito un ritocco in "selezione cromatica" su alcune delle vesti mentre nelle figure dei profeti un ritocco in "selezione cromatica" sulle vesti e un rigatino leggero a stesura unica, per abbassare il contrasto tra pellicola pittorica e lacune, nei volti particolarmente danneggiati.
Un'altra zona dove questa tecnica e' stata adottata riguarda il leone di S.Marco; essendo fortemente lacunoso e' stato necessario spegnere il contrasto tra le piccole tracce di colore ed il bianco della superficie senza però intervenire con una ricostruzione.
Nel catino absidale particolarmente interessata al ritocco in "selezione cromatica" e' stata la vela riguardante S. Giovanni in quanto particolarmente segnata dalle infiltrazioni; questa e' infatti la zona che ha dato la più alta percentuale di solfati presente nelle acque di lavaggio, percentuale abbondantemente precipitata dopo l'applicazione degli impacchi desalinizzanti.
Altro ritocco in selezione e' stato eseguito in tante piccole aree che riguardano le altre due vele del catino, le Sibille, gli Evangelisti e le due grandi scene del presbiterio.